Остался основной сюжет ТЧ и вся игра также заканчивается на исполнителе желаний или на ЧАЭС-2. Плюс предстоит (по желанию, т.к не пересекается (инфопоршнями) с основным сюжетом) пройти ещё 7 сюжетных веток. В целом сюжет получился следующим. После первой катастрофы, спустя много лет (когда не стало СССР и Россия сильно ослабла в начале 90-х на Украину прибыли учёные с запада для изучения радиационного фона вокруг и на самой ЧАЭС. Но на самом деле эти учённые стали заниматься совсем другими вещами. Сами эти учёные были под покровительством ЦРУ и других тайных сил США. Они предложили в казну Украины солидную сумму и те пустили их на территорию Зоны. Территория Зоны большая, заброшенная и к тому же недалеко граница вражеской России. На территории Зоны были отстроены и восстановлены ряд лабораторий. Начались работы по созданию биологического оружия (монстры, вирусы), искусственного интеллекта (роботы, андроиды), оружия на основе ЭМ излучения (гаусс пушка - ручная и большой мощности (на Затоне и в Х18)). Начались работы, продолжающие эксперимент HAARP (но учёные под ним видели другую возможность, а именно возможность подключиться к ноосфере планеты). На ЧАЭС-2 и на территории Генераторов построили мощные антенны. На ЧАЭС запустили один из реакторов,